现代世界的反面存在着名为祸野的地方，而异形的怪物“污秽”则在那里繁衍。阴阳师就是为了将其清除、守护人类的存在。

焰魔堂辘轳身怀阴阳师的才能，却拒绝成为阴阳师。然而某天他却被神赋予了只有阴阳师夫妇才能获得的“双星”的称号。另一位获得双星称号的，则是一位希望清除所有污秽，名为化野红绪的少女。

辘轳在被双星卷入战斗的同时，目睹了红绪为了自己的愿望奋战的身姿。于是重新振作，面对自从“雏月的悲剧”以来逃避至今的弱小的自己。两人开始作为“双星的阴阳师”，一同面对强大的“污秽”。